，仍為禮部侍郎。但很快他就告病歸，與反清勢力保持聯系。其詩作于明者收入《初學集》，入清以后的收入《有學集》；另有《投筆集》系晚年之作，多抒發(fā)反對清朝、恢復故國的心愿。乾隆時，他的詩文集遭到禁毀。個人成就 作為詩人，他開創(chuàng)了有清一代詩風。當時人稱“前后七子而后，詩派即衰微矣，牧齋宗伯起而振之，而詩家翕然宗之，天下靡然從風，一歸于正。其學之淹博、氣之雄厚，誠足以囊括諸家，包羅萬有，其詩清而綺，和而壯，感嘆而不促狹，論事廣肆而不誹排，洵大雅元音，詩人之冠冕也！”（凌鳳翔《初學集序》）
作為史學家，錢謙益早年撰《太祖實錄辨證》五卷，立志私人完成國史，他于弘光元年、順治三年兩次欲修明史，雖然因為種種原因未能如愿，但人們認為“虞山（錢謙益）尚在，國史猶未死也”，可見對他史學才能的極度推崇。
作為文章家，錢謙益名揚四海，號稱“當代文章伯”，黃梨淵《忠舊錄》稱他為王弇州（世貞）后文壇最負盛名之人。
作為收藏家，錢謙益盡得劉鳳、錢允治，楊儀、趙用賢四家書，更不惜高價廣肆購求古本，構筑“絳云樓”，收藏宋元孤本書于其上，“所積充牣，幾埒內府”。
萬歷38年（公元1610年）中進士。十年后的天啟泰昌元年才“詣闋補官”。但不久就遭到御史陳以瑞的彈劾而被罷官，奉詔削籍南歸。當時他的心情一方面是心灰意懶的悲切：“門外天涯遷客路，橋邊風雪蹇驢情”；一方面是想歸隱田園：“耦耕舊有高人約，帶月相看并菏鋤”。
錢謙益學問淹博，泛覽子、史、文籍與佛藏。論文論詩，反對明代“復古派”的模擬、“竟陵派”的狹窄，也不滿“公安派”的膚淺。他一面倡“情真”、“情至”以反對模擬;一面倡學問以反對空疏。所以他既說:“文章者,天地英淑之氣,與人之靈心結習而成者也。又說：“根于志,溢于言，經之以經史，緯之以規(guī)矩，而文章之能事備矣。”（《周孝逸文稿序》）總的主張，是認為寫作必兼具“獨至之性，旁出之情，偏詣之學”（《馮定遠詩序》），“深情蓄積于內，奇遇薄射于外，輪囷結?，朦朧萌析”（《虞山詩約序》），然后流露；既要能“陶冶性靈”（《范璽卿詩集序》），又不能抹殺“古人之高文大篇，所謂鋪陳始終，排比聲韻者”（《曾房仲詩序》）。所以他的文章，常把鋪陳學問與抒發(fā)思想性情糅合起來，縱橫曲折,奔放恣肆,其意圖是合“學人之文”與“文人之文”為一體。從具體作品看，雖內容比較駁雜恢詭，但規(guī)模闊大，足以轉變明文的衰微格局，振作明末清初的文風。《湯義仍先生文集序》、《游黃山記》、《兵部尚書中極殿大學士孫公行狀》、《忠烈楊公墓志銘》、《徐霞客傳》、 《答唐訓導汝諤論文書》、 《讀蘇長公文》、《新刻震川先生文集序》、《梅村先生詩集序》、《楞嚴志略序》等篇，都可以看出他的文章氣格和論學與評詩文的見解。
錢謙益的詩初學盛唐，后廣泛學習唐宋各名家，轉益多師，不拘一格。他學杜甫、元好問詩以樹骨力，學蘇軾、陸游詩以行氣機，學李商隱、韓偓詩以運用詞藻與比興，加上他才學兼資，藻思洋溢，往往寫成龐大的組詩。明亡后的詩篇,寄寓滄桑身世之感,哀感頑艷與激楚蒼涼合而為一，尤有特色。《徐州雜題五首》、《獄中雜詩三十首》、《己酉歲宴集連宵,于時豪客遠來,樂府駢集,縱飲失日,追歡忘老,即事感懷,慨然有作四首》、《讀梅村宮詹艷詩有感書后四首》、《西湖雜感》20首、《哭稼軒一百十韻》、《左寧南畫像歌為柳敬亭作》、《后秋興》13疊104首等,可為代表。著作有《初學集》110卷、《有學集》50卷、《投筆集》2卷、《苦海集》1 卷及外集等多種。各集今有上海古籍出版社校點本為最完備。此外有《錢注杜詩》20卷。另編選《列朝詩集》77卷（順治間刊本作81卷）。《吾炙集》 1卷。又錢陸燦節(jié)錄錢謙益所作詩人小傳為《列朝詩集小傳》一書另刊。生平 萬歷三十八年(1610)進士,授翰林院編修，天啟時典試浙江，轉右春坊中允，參與修《神家實錄》。后大魏忠賢羅織東林黨案牽連，削籍歸里。錢謙益于萬歷三十八年中進士，直到崇禎十七年明亡，在前后長達三十五年的時間內，三起三落，旋進旋退，全部任職時間加在一起也不過五六年左右，談不上什么政績。他的出名，是由于他出色的文才，被視為江左三大家之一；又因為他曾經參與了東林黨人反對魏忠賢閹黨的活動，還被視為士林領袖之一。在明末他作為東林黨首領，已頗具影響。
天啟七年丁卯八月，明熹宗朱由校駕崩，思宗朱由檢即位，他被重新奉詔入朝任職。第二年（崇禎元年）七月應詔北上，出任禮部右侍郎，但三個月后，“會推閣臣，謙益慮尚書溫體仁、侍郎周延儒并推，則名出己上，謀沮之。體仁追論謙益典試浙江取錢千秋關節(jié)事，予杖論贖。體仁復賄常熟人張漢儒訐謙益貪肆不法。謙益求救于司禮太監(jiān)曹化淳，刑斃漢儒。體仁引疾去，謙益亦削籍歸。”回到老家常州的他，與一個名字叫程嘉燧的讀書人關系素善，經常在一起喝酒吟詩。明史中是這樣記載的：“程嘉燧，字孟陽，休寧人，僑居嘉定。工詩善畫。與通州顧養(yǎng)謙善。友人勸詣之，乃渡江寓古寺，與酒人歡飲三日夜，賦《詠古》五章，不見養(yǎng)謙而返。崇禎中，常熟錢謙益以侍郎罷歸，筑耦耕堂，邀嘉燧讀書其中。閱十年返休寧，遂卒，年七十有九。謙益最重其詩，稱曰松圓詩老。”
順治初，因江陰黃毓祺起義案牽連，被逮入獄，次仁獲釋。自是息影居家，筑絳云樓以藏書檢校著述。詩文在當時頗負盛名，東南一帶，奉為"文宗"。乾隆四十四年（1779年），錢氏著述被列為"悖妄著書人詩文"，其已載入縣志者均被刪削。著作有《初學集》、《有學集》、《投筆集》、《開國群雄事略》、《列朝詩集》、《內典文藏》等。 1666年，錢謙益以八十三歲的高齡病歿于杭州，歿葬于虞山南麓。
錢氏早歲科名，交游滿天下。年青時即喜古書善本，曾購得明代劉鳳、錢允治、楊儀、趙用賢的舊藏，由是更不惜重貲購古本，以致"書賈奔赴捆載無虛日"。錢謙益所藏多宋元舊刻，為此他不辭辛勞，四處奔走尋訪，明王世貞不惜以一座莊園代價換得的《兩漢書》后來因故散落於民間，即是錢謙益以數年時間追蹤查詢，最后終于以一千二百金的高價覓得。
錢謙益中年時曾構拂山水房藏其所收之書，晚年則居紅豆山莊，新建絳云樓，又把平生所收籍重加繕治，分類編目，結果整整裝滿七十三大柜，貯于樓中。望著滿屋書籍，錢謙益感慨地說："我晚而貧，書則可云富矣。"不幸僅十多天之后，家中不慎因剪燭引起大火，絳云樓全部藏書竟因此毀于一旦。據說書樓起火時，錢謙益指揮烈焰上，大叫："天能燒我屋內書，不能燒我腹內書。"事后又痛心疾首地說："甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也，吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也。
錢謙益本飽學之士，對版本目錄亦十分精通。曹溶《絳云樓書目題詞》說："宗伯每一部書，能言舊刻若何，新版若何，中間差別幾何，驗之纖悉不爽，蓋於書無所不讀，去他人徒好書束高閣者遠甚。"但同時也指出他藏書太偏執(zhí)："一所收必宋元版，不取近人所刻及鈔本，雖蘇了美、葉石林、三沈集等，以非舊刻，不入目錄中；一好自矜嗇，傲他氏所不及，片楮不肯借出。"乃至"有單行之本，燼后不復見於人間"。這其中還有一段插曲：錢謙益與曹溶本相交甚厚，曹在京師時，堂上列書六、七千冊，錢常去曹處看書，每見自家所乏，恒借鈔，曹則希冀異日可因此借觀錢氏之書。曹則問錢："先生必有路振《九圖志》、劉恕《十國紀年》，南歸幸告借、。""錢當下許諾，不料事后竟后悔道："我家無此二書。"及至絳云火，曹溶前來吊其災，錢方后悔地說："我有惜書癖，畏因借輾轉失之。子曾欲得《九國志》、《十國紀年》，我實有之，不以借子。今此書永絕矣。使鈔本在，余可還鈔也。"
絳云樓火災后，錢謙益根據記憶，追錄成《絳云樓書目》。書目對宋元版本情況多有記載，是一部極有價值的私家藏書目錄。錢謙益除絳樓外，在其故第東城還有少量藏書，包括宋版《兩漢書》等，加上他后來又陸續(xù)收集到的部分，在他去世后均歸其族孫錢曾。
錢謙益著有《初學集》、《有學集》。降清 崇禎12年已卯（公元1639年）錢謙益在草衣道人王修微家得見柳如是《西湖八絕句》詩，對“桃花得氣美人中”句贊賞不已。于是應邀柳如是與之同游西湖。 從那個時候起，錢將柳比作卓文君，而柳把錢比作“才高博洽” “博通經籍”的東漢大才子馬融，說：“天下惟虞山錢學士始可言才，我非才如學士者不嫁。”此時已喪偶的錢則答道：“天下有憐才如此女子者耶，我亦非才如柳者不娶。” 崇禎十四年辛巳（公元1641年）六月初七日 錢以匹嫡之禮與柳結縭芙蓉舫中。這事在當時的士大夫中間頗招物議。“褻朝廷之名器，傷士人大夫之體統(tǒng)”。
明崇禎十七甲申三月十九日，大順軍攻占北京，崇禎帝自縊于煤山，明亡。四月，清兵入關，進占北京。
五月十五日，明福王朱由崧即位于南京，改年號弘光。這時候的錢謙益利用夫人柳如是與阮大鋮的關系，謀就了禮部尚書的職位。據《南明野史》記載，“錢（謙益）聲色自娛，末路失節(jié)，既投阮大鋮而以其妾柳氏出為奉酒。阮贈以珠冠一頂，價值千金。錢令柳姬謝阮，且命移席近阮。其丑狀令人欲嘔。”
清順治二年乙酉，弘光二年（公元1645年）五月，清兵近逼南京。柳如是勸錢謙益殉國，錢益謝以不能。“乙酉五月之變，君勸宗伯死，宗伯謝不能。君奮身欲沉池水中，持之不得入……”
五月十五日，錢謙益不僅腆顏迎降而且連發(fā)也剃了。史敦《慟余雜記》記：“豫王（多鐸）下江南，下令剃頭，眾皆洶洶。錢牧齋忽曰：‘頭皮癢甚。’遽起。人猶謂其篦頭也。須臾，剛髡（kūn，音昆，剃去頭發(fā)）辮而入矣。”
南明弘光政權亡。秋，錢北上充修明史副總裁。柳如是留居南京。“當謙益往北，柳氏與人通奸，子憤之，鳴官究懲。及歸，怒罵其子，不容相見。謂國破君亡，士大夫尚不能全節(jié)，乃以不能守身責一女子耶？此言可謂平而恕矣”。
清順治三年丙戌（公元1646年）六月，錢謙益稱疾乞歸，返回南京，攜柳如是返常熟。清順治四年丁亥，受淄川謝陛案牽累，錢謙益被逮鋃鐺北上，關入刑部大獄。柳如是扶病隨行，上書陳情，誓愿代死或從死。
清順治五年戌子四月，錢謙益因黃毓祺案被株連，羈囚南京獄。經柳如是全力奔走營救，請托斡旋，錢謙益才得以免禍。出獄后，被管制在蘇州，寄寓拙政園。
清順治六年已丑，從蘇州返回常熟，移居紅豆山莊。表面上息影居家，筑絳云樓以藏書檢校著述，暗中與西南和東南海上反清復明勢力聯絡。
在他去世那一年（康熙三年）的夏天，錢謙益臥病不起，而喪葬費用尚無著落，恰好鹽臺顧某來求文三篇，答應給潤筆一千兩白銀。此時，錢謙益已無力為文只好求來訪的黃梨洲（宗羲）代筆。黃梨洲略顯推辭之色，無奈之下，錢謙益不得已才將黃反鎖于書房之內，逼迫黃宗羲連夜寫完了三篇文章，這才解決了喪葬費用。黃宗羲《南雷詩歷》《八哀詩》（之五）寫道：“四海宗盟五十年，心期末后與誰傳。憑裀引燭燒殘話，囑筆完文抵債錢。紅豆俄飄迷月路，美人欲絕指箏弦。乎生知己誰人是？能不為公一泫然。”
陳寅恪先生也客觀地說：“牧齋之降清，乃其一生污點。但亦由其素性怯懦，迫于事勢所使然。若謂其必須始終心悅誠服，則甚不近情理。” 他臨死前還呼喊著“當初不死在乙酉日，這不是太晚了嗎？”（據顧公燮《消夏閑記》的記載）
錢氏早歲科名，交游滿天下。年青時即喜古書善本，曾購得明代劉鳳、錢允治、楊儀、趙用賢的舊藏，由是更不惜重貲購古本，以致"書賈奔赴捆載無虛日"。錢謙益所藏多宋元舊刻，為此他不辭辛勞，四處奔走尋訪，明王世貞不惜以一座莊園代價換得的《兩漢書》后來因故散落於民間，即是錢謙益以數年時間追蹤查詢，最后終于以一千二百金的高價覓得。
錢謙益中年時曾構拂山水房藏其所收之書，晚年則居紅豆山莊，新建絳云樓，又把平生所收籍重加繕治，分類編目，結果整整裝滿七十三大柜，貯于樓中。望著滿屋書籍，錢謙益感慨地說："我晚而貧，書則可云富矣。"不幸僅十多天之后，家中不慎因剪燭引起大火，絳云樓全部藏書竟因此毀于一旦。據說書樓起火時，錢謙益指揮烈焰上，大叫："天能燒我屋內書，不能燒我腹內書。"事后又痛心疾首地說："甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也，吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也。
作為史學家，錢謙益早年撰《太祖實錄辨證》五卷，立志私人完成國史，他于弘光元年、順治三年兩次欲修明史，雖然因為種種原因未能如愿，但人們認為“虞山（錢謙益）尚在，國史猶未死也”，可見對他史學才能的極度推崇。
作為文章家，錢謙益名揚四海，號稱“當代文章伯”，黃梨淵《忠舊錄》稱他為王弇州（世貞）后文壇最負盛名之人。
作為收藏家，錢謙益盡得劉鳳、錢允治，楊儀、趙用賢四家書，更不惜高價廣肆購求古本，構筑“絳云樓”，收藏宋元孤本書于其上，“所積充牣，幾埒內府”。
萬歷38年（公元1610年）中進士。十年后的天啟泰昌元年才“詣闋補官”。但不久就遭到御史陳以瑞的彈劾而被罷官，奉詔削籍南歸。當時他的心情一方面是心灰意懶的悲切：“門外天涯遷客路，橋邊風雪蹇驢情”；一方面是想歸隱田園：“耦耕舊有高人約，帶月相看并菏鋤”。
錢謙益學問淹博，泛覽子、史、文籍與佛藏。論文論詩，反對明代“復古派”的模擬、“竟陵派”的狹窄，也不滿“公安派”的膚淺。他一面倡“情真”、“情至”以反對模擬;一面倡學問以反對空疏。所以他既說:“文章者,天地英淑之氣,與人之靈心結習而成者也。又說：“根于志,溢于言，經之以經史，緯之以規(guī)矩，而文章之能事備矣。”（《周孝逸文稿序》）總的主張，是認為寫作必兼具“獨至之性，旁出之情，偏詣之學”（《馮定遠詩序》），“深情蓄積于內，奇遇薄射于外，輪囷結?，朦朧萌析”（《虞山詩約序》），然后流露；既要能“陶冶性靈”（《范璽卿詩集序》），又不能抹殺“古人之高文大篇，所謂鋪陳始終，排比聲韻者”（《曾房仲詩序》）。所以他的文章，常把鋪陳學問與抒發(fā)思想性情糅合起來，縱橫曲折,奔放恣肆,其意圖是合“學人之文”與“文人之文”為一體。從具體作品看，雖內容比較駁雜恢詭，但規(guī)模闊大，足以轉變明文的衰微格局，振作明末清初的文風。《湯義仍先生文集序》、《游黃山記》、《兵部尚書中極殿大學士孫公行狀》、《忠烈楊公墓志銘》、《徐霞客傳》、 《答唐訓導汝諤論文書》、 《讀蘇長公文》、《新刻震川先生文集序》、《梅村先生詩集序》、《楞嚴志略序》等篇，都可以看出他的文章氣格和論學與評詩文的見解。
錢謙益的詩初學盛唐，后廣泛學習唐宋各名家，轉益多師，不拘一格。他學杜甫、元好問詩以樹骨力，學蘇軾、陸游詩以行氣機，學李商隱、韓偓詩以運用詞藻與比興，加上他才學兼資，藻思洋溢，往往寫成龐大的組詩。明亡后的詩篇,寄寓滄桑身世之感,哀感頑艷與激楚蒼涼合而為一，尤有特色。《徐州雜題五首》、《獄中雜詩三十首》、《己酉歲宴集連宵,于時豪客遠來,樂府駢集,縱飲失日,追歡忘老,即事感懷,慨然有作四首》、《讀梅村宮詹艷詩有感書后四首》、《西湖雜感》20首、《哭稼軒一百十韻》、《左寧南畫像歌為柳敬亭作》、《后秋興》13疊104首等,可為代表。著作有《初學集》110卷、《有學集》50卷、《投筆集》2卷、《苦海集》1 卷及外集等多種。各集今有上海古籍出版社校點本為最完備。此外有《錢注杜詩》20卷。另編選《列朝詩集》77卷（順治間刊本作81卷）。《吾炙集》 1卷。又錢陸燦節(jié)錄錢謙益所作詩人小傳為《列朝詩集小傳》一書另刊。生平 萬歷三十八年(1610)進士,授翰林院編修，天啟時典試浙江，轉右春坊中允，參與修《神家實錄》。后大魏忠賢羅織東林黨案牽連，削籍歸里。錢謙益于萬歷三十八年中進士，直到崇禎十七年明亡，在前后長達三十五年的時間內，三起三落，旋進旋退，全部任職時間加在一起也不過五六年左右，談不上什么政績。他的出名，是由于他出色的文才，被視為江左三大家之一；又因為他曾經參與了東林黨人反對魏忠賢閹黨的活動，還被視為士林領袖之一。在明末他作為東林黨首領，已頗具影響。
天啟七年丁卯八月，明熹宗朱由校駕崩，思宗朱由檢即位，他被重新奉詔入朝任職。第二年（崇禎元年）七月應詔北上，出任禮部右侍郎，但三個月后，“會推閣臣，謙益慮尚書溫體仁、侍郎周延儒并推，則名出己上，謀沮之。體仁追論謙益典試浙江取錢千秋關節(jié)事，予杖論贖。體仁復賄常熟人張漢儒訐謙益貪肆不法。謙益求救于司禮太監(jiān)曹化淳，刑斃漢儒。體仁引疾去，謙益亦削籍歸。”回到老家常州的他，與一個名字叫程嘉燧的讀書人關系素善，經常在一起喝酒吟詩。明史中是這樣記載的：“程嘉燧，字孟陽，休寧人，僑居嘉定。工詩善畫。與通州顧養(yǎng)謙善。友人勸詣之，乃渡江寓古寺，與酒人歡飲三日夜，賦《詠古》五章，不見養(yǎng)謙而返。崇禎中，常熟錢謙益以侍郎罷歸，筑耦耕堂，邀嘉燧讀書其中。閱十年返休寧，遂卒，年七十有九。謙益最重其詩，稱曰松圓詩老。”
順治初，因江陰黃毓祺起義案牽連，被逮入獄，次仁獲釋。自是息影居家，筑絳云樓以藏書檢校著述。詩文在當時頗負盛名，東南一帶，奉為"文宗"。乾隆四十四年（1779年），錢氏著述被列為"悖妄著書人詩文"，其已載入縣志者均被刪削。著作有《初學集》、《有學集》、《投筆集》、《開國群雄事略》、《列朝詩集》、《內典文藏》等。 1666年，錢謙益以八十三歲的高齡病歿于杭州，歿葬于虞山南麓。
錢氏早歲科名，交游滿天下。年青時即喜古書善本，曾購得明代劉鳳、錢允治、楊儀、趙用賢的舊藏，由是更不惜重貲購古本，以致"書賈奔赴捆載無虛日"。錢謙益所藏多宋元舊刻，為此他不辭辛勞，四處奔走尋訪，明王世貞不惜以一座莊園代價換得的《兩漢書》后來因故散落於民間，即是錢謙益以數年時間追蹤查詢，最后終于以一千二百金的高價覓得。
錢謙益中年時曾構拂山水房藏其所收之書，晚年則居紅豆山莊，新建絳云樓，又把平生所收籍重加繕治，分類編目，結果整整裝滿七十三大柜，貯于樓中。望著滿屋書籍，錢謙益感慨地說："我晚而貧，書則可云富矣。"不幸僅十多天之后，家中不慎因剪燭引起大火，絳云樓全部藏書竟因此毀于一旦。據說書樓起火時，錢謙益指揮烈焰上，大叫："天能燒我屋內書，不能燒我腹內書。"事后又痛心疾首地說："甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也，吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也。
錢謙益本飽學之士，對版本目錄亦十分精通。曹溶《絳云樓書目題詞》說："宗伯每一部書，能言舊刻若何，新版若何，中間差別幾何，驗之纖悉不爽，蓋於書無所不讀，去他人徒好書束高閣者遠甚。"但同時也指出他藏書太偏執(zhí)："一所收必宋元版，不取近人所刻及鈔本，雖蘇了美、葉石林、三沈集等，以非舊刻，不入目錄中；一好自矜嗇，傲他氏所不及，片楮不肯借出。"乃至"有單行之本，燼后不復見於人間"。這其中還有一段插曲：錢謙益與曹溶本相交甚厚，曹在京師時，堂上列書六、七千冊，錢常去曹處看書，每見自家所乏，恒借鈔，曹則希冀異日可因此借觀錢氏之書。曹則問錢："先生必有路振《九圖志》、劉恕《十國紀年》，南歸幸告借、。""錢當下許諾，不料事后竟后悔道："我家無此二書。"及至絳云火，曹溶前來吊其災，錢方后悔地說："我有惜書癖，畏因借輾轉失之。子曾欲得《九國志》、《十國紀年》，我實有之，不以借子。今此書永絕矣。使鈔本在，余可還鈔也。"
絳云樓火災后，錢謙益根據記憶，追錄成《絳云樓書目》。書目對宋元版本情況多有記載，是一部極有價值的私家藏書目錄。錢謙益除絳樓外，在其故第東城還有少量藏書，包括宋版《兩漢書》等，加上他后來又陸續(xù)收集到的部分，在他去世后均歸其族孫錢曾。
錢謙益著有《初學集》、《有學集》。降清 崇禎12年已卯（公元1639年）錢謙益在草衣道人王修微家得見柳如是《西湖八絕句》詩，對“桃花得氣美人中”句贊賞不已。于是應邀柳如是與之同游西湖。 從那個時候起，錢將柳比作卓文君，而柳把錢比作“才高博洽” “博通經籍”的東漢大才子馬融，說：“天下惟虞山錢學士始可言才，我非才如學士者不嫁。”此時已喪偶的錢則答道：“天下有憐才如此女子者耶，我亦非才如柳者不娶。” 崇禎十四年辛巳（公元1641年）六月初七日 錢以匹嫡之禮與柳結縭芙蓉舫中。這事在當時的士大夫中間頗招物議。“褻朝廷之名器，傷士人大夫之體統(tǒng)”。
明崇禎十七甲申三月十九日，大順軍攻占北京，崇禎帝自縊于煤山，明亡。四月，清兵入關，進占北京。
五月十五日，明福王朱由崧即位于南京，改年號弘光。這時候的錢謙益利用夫人柳如是與阮大鋮的關系，謀就了禮部尚書的職位。據《南明野史》記載，“錢（謙益）聲色自娛，末路失節(jié)，既投阮大鋮而以其妾柳氏出為奉酒。阮贈以珠冠一頂，價值千金。錢令柳姬謝阮，且命移席近阮。其丑狀令人欲嘔。”
清順治二年乙酉，弘光二年（公元1645年）五月，清兵近逼南京。柳如是勸錢謙益殉國，錢益謝以不能。“乙酉五月之變，君勸宗伯死，宗伯謝不能。君奮身欲沉池水中，持之不得入……”
五月十五日，錢謙益不僅腆顏迎降而且連發(fā)也剃了。史敦《慟余雜記》記：“豫王（多鐸）下江南，下令剃頭，眾皆洶洶。錢牧齋忽曰：‘頭皮癢甚。’遽起。人猶謂其篦頭也。須臾，剛髡（kūn，音昆，剃去頭發(fā)）辮而入矣。”
南明弘光政權亡。秋，錢北上充修明史副總裁。柳如是留居南京。“當謙益往北，柳氏與人通奸，子憤之，鳴官究懲。及歸，怒罵其子，不容相見。謂國破君亡，士大夫尚不能全節(jié)，乃以不能守身責一女子耶？此言可謂平而恕矣”。
清順治三年丙戌（公元1646年）六月，錢謙益稱疾乞歸，返回南京，攜柳如是返常熟。清順治四年丁亥，受淄川謝陛案牽累，錢謙益被逮鋃鐺北上，關入刑部大獄。柳如是扶病隨行，上書陳情，誓愿代死或從死。
清順治五年戌子四月，錢謙益因黃毓祺案被株連，羈囚南京獄。經柳如是全力奔走營救，請托斡旋，錢謙益才得以免禍。出獄后，被管制在蘇州，寄寓拙政園。
清順治六年已丑，從蘇州返回常熟，移居紅豆山莊。表面上息影居家，筑絳云樓以藏書檢校著述，暗中與西南和東南海上反清復明勢力聯絡。
在他去世那一年（康熙三年）的夏天，錢謙益臥病不起，而喪葬費用尚無著落，恰好鹽臺顧某來求文三篇，答應給潤筆一千兩白銀。此時，錢謙益已無力為文只好求來訪的黃梨洲（宗羲）代筆。黃梨洲略顯推辭之色，無奈之下，錢謙益不得已才將黃反鎖于書房之內，逼迫黃宗羲連夜寫完了三篇文章，這才解決了喪葬費用。黃宗羲《南雷詩歷》《八哀詩》（之五）寫道：“四海宗盟五十年，心期末后與誰傳。憑裀引燭燒殘話，囑筆完文抵債錢。紅豆俄飄迷月路，美人欲絕指箏弦。乎生知己誰人是？能不為公一泫然。”
陳寅恪先生也客觀地說：“牧齋之降清，乃其一生污點。但亦由其素性怯懦，迫于事勢所使然。若謂其必須始終心悅誠服，則甚不近情理。” 他臨死前還呼喊著“當初不死在乙酉日，這不是太晚了嗎？”（據顧公燮《消夏閑記》的記載）
錢氏早歲科名，交游滿天下。年青時即喜古書善本，曾購得明代劉鳳、錢允治、楊儀、趙用賢的舊藏，由是更不惜重貲購古本，以致"書賈奔赴捆載無虛日"。錢謙益所藏多宋元舊刻，為此他不辭辛勞，四處奔走尋訪，明王世貞不惜以一座莊園代價換得的《兩漢書》后來因故散落於民間，即是錢謙益以數年時間追蹤查詢，最后終于以一千二百金的高價覓得。
錢謙益中年時曾構拂山水房藏其所收之書，晚年則居紅豆山莊，新建絳云樓，又把平生所收籍重加繕治，分類編目，結果整整裝滿七十三大柜，貯于樓中。望著滿屋書籍，錢謙益感慨地說："我晚而貧，書則可云富矣。"不幸僅十多天之后，家中不慎因剪燭引起大火，絳云樓全部藏書竟因此毀于一旦。據說書樓起火時，錢謙益指揮烈焰上，大叫："天能燒我屋內書，不能燒我腹內書。"事后又痛心疾首地說："甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也，吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也。
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