養殖虹鱒常見的疾病有寄生蟲病、營養不良病、水霉病、細菌病。其中以營養不良病較為常見，危害最嚴重，寄生蟲病也是易發的疾病。幾種主要疾病的情況和防治方法如下：

一、小瓜蟲病(白點病)

易發生在仔魚期，病魚體表明顯出現許多小白點，鰓上分泌大量粘液，病魚呈現不安狀態，常側身在池壁摩擦身體，食欲減退。治療時用1/4000的甲醛溶液浸洗1小時，或在5%～10%的鹽水中浸洗1小時。

二、三代蟲病

三代蟲寄生于魚的體側、背鰭、臀鰭、尾鰭或鰓等部位。病魚動態和上述小瓜蟲病相同。另外，病魚鰓腫大，鰓絲暗黑色，體色黑瘦，不攝食，離群緩游，漸趨死亡。此病主要危害稚魚和當年魚，在成魚上也有寄生。防治此病可用1/2000～1/4000的甲醛液浸洗病魚0.5小時～1小時，或用2%濃度的鹽水浸洗2小時。

三、肝脂肪變性病

此病是人工養殖虹鱒由于投喂的飼料營養含量不全、長期缺乏必需氨基酸或維生素等造成的。不新鮮的、生霉的或氧化變質的飼料，以及飼料中碳水化合物、脂肪、磷等過多均可引發此病的發生。病魚體色發黑，鰓顏色變淡，體質衰弱，離群，不活潑，獨自漂在緩流處。肝臟腫大，呈黃色、黃白色或黃褐色，膽囊腫大呈黃色。胃腸充滿黃色粘液，無食物，腸末端潰瘍充血。防治辦法：發現病魚立即換喂優質餌料，減少投喂量，在飼料中增加維生素的含量。病情較輕的魚經過2個月～3個月可完全恢復，病重者則無法挽救。如果投喂全價合成顆粒飼料，可減少此病發生。

四、膚霉病

又稱水霉病，發生在孵化期死卵或損傷的卵上，并能侵害臨近的好卵，在受傷的魚體處也易著生。發病初期出現小斑點，然后逐漸擴大成絨毛狀，使患處肌肉潰爛壞死。水霉繁殖適溫在4℃～14℃。預防辦法：孵化期注意揀除死卵，拉網時注意不要擦傷魚體。

五、細菌病

細菌性疾病有多種，如細菌性鰓病，多于春季發生在體重3克以下的稚魚上;爛鰭病，水溫15℃以上時發生，水溫低于15℃時病菌自行死亡。這兩種病魚，均可用1/2000濃度的硫酸銅溶液浸洗30秒，或用1×10-6濃度的呋喃劑浸洗1小時，也可投喂混合磺胺類藥物的飼料治療。

六、弧菌病

多在晚春或秋季水溫15℃以上時發病。病魚眼球突出、白濁、糜爛，鰭基部、體表、肛門、口腔等處出血。病重魚肌肉壞死，腸管充血、發炎，腎脾腫大。防治辦法：用磺胺類藥物混拌于飼料中，投喂1周，然后清刷池子，并用漂白粉或生石灰消毒，也可用1/50萬濃度的鹽水浸洗20分鐘。