就在中國棉花專家向棉鈴蟲宣戰的時候，另一場沒有硝煙的轉基因棉大戰悄然拉開了序幕。1998年，中國開始種植轉基因抗蟲棉，國外抗蟲棉憑借其領先一步的高新技術優勢迅速占據了我國95%以上的抗蟲棉市場，而國產抗蟲棉不足5%。5年后，我國自主知識產權的國產轉基因抗蟲棉品種種植面積首次超過了美國， 2005年國產抗蟲棉的市場份額接近70%，這主要得益于中國農科院棉花研究所建立的全國“一盤棋”的研發推廣體系。

曾幾何時，“5%”的市場占有率成了扎在中國棉花科研人員心中的一根鋼針。我們同樣擁有自主知識產權的抗蟲基因，具有相對領先的常規育種技術，為什么我們的抗蟲棉在中國境內無法與國外抗蟲棉抗衡呢?中國農科院棉花研究所所長喻樹迅博士說：

“我們轉基因轉化體系規模太小，其中轉化的核心技術沒有突破，科研單位都比較分散，互不通氣重復研究，沒法形成有效的整合，形成我們的創新團隊，形成我們的核心競爭力，所以速度很慢”。

在“國家轉基因棉花中試及產業化基地”課題支持下，中國農科院棉花研究所創新研發推廣體系，打破科研單位各自為戰的局面，牽頭建立了棉花規模化轉基因技術體系平臺，采取雙贏互利的發展模式，通過合同關系，在尊重知識產權、成果利益共享的情況下，與我國從事基礎研究的8家上游基因構建單位和下游棉花產業化龍頭企業開展全面的戰略合作。一只優勢互補、強強聯合、具有國際競爭力的“聯合艦隊”成功地建立起來，這種全國“一盤棋”的研發推廣體系立即展現出旺盛的生命力。

合作體系的上游，以中國農科院生物所、中科院遺傳發育所和微生物所等為代表的基因構建單位，成功構建了擁有自主知識產權的抗蟲基因;中游以中國農科院棉花研究所為主，建立了棉花規模化轉基因技術體系，大批量創造轉基因棉花種質新材料，并將所獲得新材料快速發放給育種研究單位，迅速培育出適宜我國不同棉區種植的國產轉基因抗蟲棉新品種，并在河南、山東、安徽等地進行中試試驗;體系的下游則是科技型棉花龍頭企業，中棉所科技貿易公司等企業通過建立遍布全國棉區的營銷網絡，使國產轉基因抗蟲棉良種迅速進入市場，來到急需的棉農手里。中國農科院棉花研究所轉基因課題組組長李付廣博士說：

“轉基因是一個系統，不是一家，不是一個單位能夠獨立自主完成的，在抗蟲棉方面，如果說我們國內任何一家單位都是閉關自守，都想自己來做，可以說咱們的抗蟲棉產業不會像今天這么發達。”

2002年，國產抗蟲棉打了一場漂亮的翻身仗。這一年，國產轉基因抗蟲棉市場份額上升到了35%。2003年，國產抗蟲棉就占市場份額的50%左右。2005年，國產抗蟲棉所占市場份額接近80%，徹底打破了國外抗蟲棉的壟斷地位。

國產轉基因抗蟲棉的種植不僅有效地控制了棉鈴蟲的暴發危害，而且使農藥用量減少，每年節約化學農藥用量2000-3000萬公斤，農藥中毒事件降低了80%，每畝地還可增產皮棉7公斤，增收節支約120元。在國家發改委的支持下，以中國農科院棉花研究所科技貿易公司為主體，依托中棉所科技成果，在我國黃河流域、長江流域和新疆三大棉區分別與地方合作，成立了8個區域性合資公司，形成了以中棉所為研發中心的遍布全國的產業化體系，建立了抗蟲棉新品種示范點200多個，到2005年，國產抗蟲棉已累計推廣9000多萬畝，創造社會經濟效益150多億元。“中棉” 系列轉基因抗蟲棉成為我國棉種市場的第一品牌。