在逐一研究模式植物擬南芥的遺傳組成時，達特茅斯大學的兩名研究人員發現了一個驚人的現象。他們發現將近36％的擬南芥基因組可能是由生物通調控的，這比早先估計的百分比要高3倍半。

這項研究發表在6月期的《植物生理學》雜志上，作者為達特茅斯大學的生物科學教授Robertson McClung和其前研究生Todd Michael。Michael現為加州Salk研究所的博士后。他們這項對生物鐘控制的基因的研究將有助于促進旨在提高植物產量的研究，還可能據此培育出對土壤和氣候條件更有耐力的作物。

McClung 和 Michael利用一種叫做基因捕獲(gene trapping)或增強子捕獲(enhancer trapping)的技術來測定基因組合成多少mRNA。根據McClung，基因轉錄為mRNA時，發生大量基因調控。

在這項研究中，研究人員隨機向基因組插入一個編碼一種易測定蛋白的基因--熒光素酶基因(這種酶表達時會發出熒光)，以查明哪些基因與mRNA的合成有關。熒光素酶只有在插入到一個活性植物基因旁邊時才會表達，它可以標志該基因的自然表達。用這種方法，研究人員發現了基因組中受生物鐘控制的新區域。

“就生物鐘控制的mRNA合成而言，其范圍似乎比我們早先預想的要廣泛得多，我們的發現與已被廣為接受的教條相反”McClung說。這是從一個稍微不同的角度對生物鐘調控的基因表達的重新審視，得到的答案也略有不同。我認為我們的研究指出了基因芯片分析的一些局限性。”他補充說。

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早先的比較遺傳學研究使用的是基因芯片分析技術，只測定出擬南芥基因組中有10%左右的mRNAs表現出根據生物鐘表達增減。芯片研究檢查的是mRNA的總量，包括合成和降解的mRNA。而McClung 和 Michael的測量方法專門檢查了mRNA合成的速率。

關于mRNA合成受生物鐘調控的基因數與mRNA豐富度顯示出生物鐘周期的振蕩性的基因數之間的差異的疑問仍然存在。

“這個答案可能在于mRNA的穩定性‘如果mRNA太穩定，那么這種周期振蕩性就會顯現出來，因為絕大多數mRNA都會穩固表達，形成一種明顯的連續性累積的模式。”McClung說。“也有可能我們檢查的恰巧是孤兒元件，這些元件實際上沒有什么調控作用。”