5月16日，全國內地11個省份有非典型肺炎病例報告，其中6個省份報告有新增臨床診斷病例和疑似病例，1個省份報告有新增臨床診斷病例，4個省份報告有新增疑似病例。其余20個省份報告沒有新的病例。截至5月16日10時，報告有疫情的省份為25個。海南、貴州、云南、西藏、青海、新疆6個省份未發現疫情。在報告有疫情的省份中，黑龍江沒有臨床診斷病例報告;累計臨床診斷病例在10例以內的省份有安徽、甘肅、上海、江蘇、湖北、湖南;累計臨床診斷病例在5例以內的省份有寧夏、浙江、遼寧、福建、重慶、江西、山東。湖南、福建、山東連續20天以上沒有新增臨床診斷病例報告,廣西連續14天沒有新增臨床診斷病例報告，寧夏連續13天沒有新增臨床診斷病例報告，江西連續12天沒有新增臨床診斷病例報告，湖北連續10天沒有新增臨床診斷病例報告，河南、重慶連續9天沒有新增臨床診斷病例報告，浙江連續8天沒有新增臨床診斷病例報告，陜西連續7天沒有新增臨床診斷病例報告，上海、安徽連續6天沒有新增臨床診斷病例報告，江蘇、甘肅連續5天沒有新增臨床診斷病例報告。

5月15日10時至5月16日10時，全國內地共報告新增非典型肺炎臨床診斷病例39例(其中29例為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院89例，死亡4例。臨床診斷病例中，北京28例(其中22例為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院16例，死亡1例;天津3例(其中2例為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院2例，死亡1例;河北2例(全部為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院3例，死亡1例;山西1例(為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院37例;內蒙古無新增臨床診斷病例，治愈出院13例;吉林1例，治愈出院1例;上海死亡1例;安徽治愈出院2例;廣東2例，治愈出院11例;廣西治愈出院1例;四川2例(全部為疑似病例轉為臨床診斷病例)，治愈出院1例;陜西治愈出院1例;甘肅治愈出院1例。截至5月16日10時，全國內地累計報告非典型肺炎病例5191例(其中醫務人員952例)，累計治愈出院1947例，死亡275例。目前在醫院接受治療的患者為2969例。

5月15日10時至5月16日10時，各地報告新增非典型肺炎疑似病例94例。其中北京43例;天津3例;河北10例;山西18例;內蒙古3例;上海、四川、陜西各2例;江蘇1例;廣東10例。

5月15日10時至5月16日10時，各地還報告排除疑似病例170例，其中北京73例;廣東57例;山西18例;天津、陜西各5例;內蒙古4例;河北、重慶各2例;四川、河南、甘肅、浙江各1例。截止5月16日10時，全國內地非典型肺炎疑似病例合計為2173例。