音の表記というのは、あくまでも現実の音を恣意的に表すものですから、説明の順序としてはむしろ逆に「がくせえ」（あるいは「がくせー」）という音が先にあって、これを表すときになぜ「がくせい」という表記になるのかということが問題になります。

　　所謂音的表記，其實歸根結底只是把實際發音隨意表示出來而已。因此，有關這個問題的說明順序應該倒過來，先是有了“がくせえ”（或者是“がくせー”）這樣的發音，但為什么在表示其發音時用了“がくせい”，這才是問題的所在。

　　昭和61年に內閣告示として提示された「現代仮名遣い」を參照すると、エ列の長音に関しては「エ列の仮名に「え」を添える」とあります。そこに例として挙げられているのは次の二つです。　

　　在參照了昭和61年（1986年）以內閣通告形式發布的《現代假名使用》之后，我們知道，關于エ段長音的記述是這樣的：“在エ段的假名后加上「え」”。然后就舉出了下述的兩個例子。

　　例：ねえさん　ええ（応答の語）（應答語）

　　これに従えば「學生」は「がくせえ」となるはずです。ところがこの告示には次のような付記が添えられています。　

　　遵照這一規則的話“學生”就應該表記為“がくせえ”了。但是，這一通告還有下述的付記。

　　次のような語は、エ列の長音として発音されるか、エイ、ケイなどのように発音されるかにかかわらず、エ列の仮名に「い」を添えて書く。　

　　下述的詞語，不管是作為エ段的長音來發音，還是像エイ、ケイ等一樣發音，都一律在エ段的假名后添上“い”。

　　例：かれい、せい（背）、かせいで（稼）、まねいて（招）、春めいて、へい（塀）、めい（銘）、れい（例）、えいが（映畫）、とけい（時計）、（ていねい）丁寧

　　つまり和語起源のエ列の長音は「え」で示す一方、主に漢字音起源のエ列の長音などは「い」で示すという表記上の原則があるわけです。ご質問の「學生」は和語ではありませんから、この原則に従えば仮名表記では「がくせい」となります。

　　也就是說表記的原則是：和語起源的詞語就在エ段后面加上“え”來表示長音，另一方面，由漢字音起源的詞語就加上“い”來表示長音。提問中的“學生”不是和語，所以按照原則其假名的表記就成了“がくせい”。